Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл стал вдохновителем создания Общецерковной аспирантуры и докторантуры имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия в самом начале своего Патриаршего служения, ясно осознавая необходимость подготовки церковных тружеников высшей квалификации. Как сам он вспоминал впоследствии:
«Решение о создании Общецерковной аспирантуры и докторантуры было принято по моей инициативе буквально сразу после моего вступления на Московский Патриарший престол, и это деяние было совершено с ясным пониманием того, что одной из самых важных проблем, стоящих ныне перед нашей Церковью, является проблема подготовки богословских кадров и кадров священнослужителей».
На первом после избрания заседании Священного Синода 31 марта 2009 г. Святейший Патриарх выступил с предложением
«в целях повышения … уровня специальной подготовки управленческих и церковно-дипломатических кадров Московского Патриархата преобразовать филиал аспирантуры Московской Духовной академии при Отделе внешних церковных связей в общецерковную аспирантуру»
и принял на себя обязанности председателя Наблюдательного совета новосозданного учебного заведения. В конце первого учебного года, в мае 2010 г. он встретился с учащимися ОЦАД и лично побеседовал с каждым из них.
Для развития церковной науки Предстоятель Русской Церкви в ноябре 2011 г. одобрил предложение состоявшегося ранее совещания руководителей духовных учебных заведений о создании на базе ОЦАД Общецерковного докторского диссертационного совета, чтобы, по его слову, обеспечить оценку диссертаций
«на самом высоком уровне, при участии высококвалифицированных и авторитетных светских специалистов
Становление Общецерковной аспирантуры и докторантуры свершалось при неустанном попечении Его Святейшества и возглавляемого им Наблюдательного совета. На заседании 5 декабря 2012 г. Святейший Патриарх подтвердил, что основная миссия ОЦАД заключается в
«подготовке высших богословских кадров, церковных ученых, формировании необходимых условий для образования современных научно-исследовательских учреждений и институтов по различным богословским профилям».
28 февраля 2014 г. состоялось очередное заседание Наблюдательного совета под председательством Его Святейшества, посвященное, в том числе, решению вопроса о размещении ОЦАД в зданиях Черниговского патриаршего подворья. На заседании совета 16 декабря 2014 г. Первоиерарх Русской Церкви дал высокую оценку деятельности Общецерковной аспирантуры и докторантуры, он назвал ее
«своего рода Патриаршей академией, находящейся под непосредственным контролем Предстоятеля Церкви».
На этом же заседании Его Святейшество поставил перед ОЦАД задачу создания корпуса учебников для бакалавриата Русской Православной Церкви.
Духовная жизнь ОЦАД развивалась при неустанном попечении Первоиерарха Русской Церкви, в 2015 г. при его непосредственном участии была завершена реставрация Черниговского патриаршего подворья. 1 ноября 2015 года Святейший Патриарх Кирилл совершил великое освящение храма в честь Усекновения главы святого Иоанна Предтечи под Бором, в своем слове он подчеркнул, что
«богословие требует особого состояния духа, потому что эта дисциплина призвана … воздействовать на умы и на сердца людей. Вот почему всегда в центре жизни наших богословских школ — храм Божий. И я очень хотел бы, чтобы этот храм стал центром реальной духовной жизни профессоров, преподавателей и аспирантов. Все это очень важно, жизненно важно … для людей, занимающихся богословием».
В этот же день Его Святейшеству был вручен диплом почетного доктора Общецерковной аспирантуры и докторантуры.
В связи с юбилейными датами - 1000-летием преставления святого равноапостольного великого князя Владимира и 600-летием Черниговского патриаршего подворья Святейший Патриарх возглавил 18 ноября 2015 г. открытие международной научно-практической конференции «Князь Владимир. Цивилизационный выбор». В своем выступлении он, в частности, выразил уверенность в том, что
«Общецерковная аспирантура, уже имеющая значительный авторитет в научном и педагогическом сообществе, станет действительно важным центром развития церковной научной мысли».
В тот же день Его Святейшество вместе с мэром Москвы С.С. Собяниным посетил Черниговское патриаршее подворье для ознакомления с ходом восстановительных работ.
Знаменательным событием стала презентация книги «Патриарх Кирилл. Мысли на каждый день года», состоявшаяся в стенах Общецерковной аспирантуре и докторантуре 13 января 2017 г. и собравшая широкий круг церковных и общественных деятелей России и Зарубежья.
Дальнейшее попечение Святейшего Патриарха о развитии церковной науки проявилось в благословении на создание в 2017 г. на базе ОЦАД Кандидатского диссертационного совета по богословию.
В 2018 году завершился второй этап реставрации Черниговского патриаршего подворья и 11 марта 2018 года Святейший Патриарх Кирилл совершил чин великого освящения храма святых мучеников Михаила и Феодора Черниговских. В своем слове Патриарх Кирилл отметил:
«Радуюсь успехам нашей Общецерковной аспирантуры и докторантуры и надеюсь, что она будет в полной мере развивать все то, что Церковь сегодня считает важным, - для того, чтобы мир уверовал, для того, чтобы языком богословия Церковь научилась говорить с теми, кто, к сожалению, еще не воспринимает голос церковной проповеди, помогая им видеть в отеческом придании, Священном писании, святоотеческих творениях ту великую вечную мудрость, опираясь на которую мы можем актуализировать древнее, но всегда юное Божественное откровение».