Общецерковная аспирантура и докторантура имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия (ОЦАД) была основана решением Священного Синода Русской Православной Церкви 31 марта 2009 года по инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. Общецерковная аспирантура и докторантура стала преемницей филиала аспирантуры Московской духовной академии, действовавшего при Отделе внешних церковных связей (ОВЦС) с 1963 года.
Ректором ОЦАД был назначен председатель ОВЦС епископ (впоследствии митрополит) Иларион (Алфеев). Обязанности председателя Наблюдательного совета аспирантуры принял на себя Святейший Патриарх Кирилл
В июле 2009 года Синод утвердил Устав Общецерковной аспирантуры и докторантуры, перед которой теперь стояли широкие и важные задачи. Для повышения уровня церковных научных исследований было необходимо организовать систему подготовки высшей церковно-научной квалификации – докторов богословия. Кроме того, сохранялась задача, стоявшая перед аспирантурой при ОВЦС – специализированная подготовка управленческих и церковно-дипломатических работников.
В сентябре 2009 года состоялся первый набор обучающихся на программы аспирантуры, докторантуры и повышения квалификации. В 2010 году была открыта магистерская программа «Внешние церковные связи» и был проведен первый набор студентов на эту программу.
Первый этап существования ОЦАД был связан, в первую очередь, с организацией учебного процесса, развитием научной деятельности и созданием материально-технической базы.
В 2009-2010 учебном году ОЦАД располагалась в Отделе внешних церковных связей, летом 2010 года учебная деятельность переместилась в самый центр первопрестольного града, в Черниговское патриаршее подворье храмов Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором и святых мучеников Михаила и Феодора Черниговских в Черниговском переулке. Последующие годы велась реставрация зданий подворья с целью его восстановления и приспособления для нужд учебного процесса.