Магистратура была открыта в Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия в 2010 году в качестве подготовительного этапа к обучению в аспирантуре. За годы своего существования магистратура стала самостоятельным направлением образовательной деятельности ОЦАД и сегодня представлена четырьмя специализированными магистерскими программами, которые готовят специалистов, нужных Церкви и обществу:

• Православная теология. Внешние церковные связи;
• Православная теология. Христианские источники;
• Православная теология. Каноническое право;
• Православная теология в современности. Философия и история религии.

Все магистерские программы ОЦАД реализуются по направлению подготовки высшего образования 48.04.01 Теология и имеют государственную аккредитацию. При этом обучение на двух программах возможно по направлению подготовки служителей и религиозного персонала религиозных организаций, что делает поступление на них доступным для абитуриентов, имеющих только высшее духовное образование («Православная теология. Внешние церковные связи» и «Православная теология. Христианские источники»).

Интенсивный характер проведения занятий в магистратуре и акцент на самостоятельной работе предполагает активную вовлеченность студентов в учебный процесс на протяжении всего периода обучения, а потому очная форма обучения является основным форматом обучения на всех программах. Обучение в заочной форме возможно только на программе «Православная теология. Внешние церковные связи».

С 2018 года ОЦАД активно развивает сетевое сотрудничество на уровне магистратуры и сегодня остается единственной духовной школой Русской Православной Церкви, реализующей программы магистратуры совместно с светским университетом – Национальным исследовательским университетом «Высшая школа экономики». В таком формате действуют две магистерские программы: «Православная теология. Каноническое право» (совместно с магистерской программой «Церковь, общество и государство. Правовое регулирование деятельности религиозных объединений» по направлению подготовки 40.04.01 Юриспруденция) и «Православная теология в современности. Философия и история религии» (совместно с магистерской программой «Философия и история религии» по направлению подготовки 47.04.01 Философия). Студенты этих программ обучаются одновременно в ОЦАД и в НИУ ВШЭ, приобщаясь таким образом к лучшим традициям высшего духовного и высшего светского образования.

Занятия в магистратуре проходят на базе кампуса ОЦАД, расположенного в историческом центре Москвы на Черниговском Патриаршем Подворье. На территории Подворья располагаются два храма XVI-XVIII вв., посвященные усекновению главы святого пророка Иоанна Предтечи и святым мученикам Михаилу и Феодору Черниговским соответственно. Эти храмы являются центром духовной жизни ОЦАД. В них регулярно совершаются богослужения, в которых принимают участие студенты, преподаватели и сотрудники ОЦАД.

Студенты магистратуры ОЦАД, обучающиеся на имеющих государственную аккредитацию программах, пользуются всеми предусмотренными льготами (отсрочка от службы в армии, льготный проезд в общественном транспорте и другие специальные льготы, установленные Правительством Москвы).

Выпускники магистратуры ОЦАД – это десятки архиереев и священнослужителей Русской Православной Церкви и других Поместных Православных Церквей, сотрудников синодальных и епархиальных отделов, преподавателей, научных и административных работников различных церковных учреждений и духовных школ. Многие выпускники магистратуры продолжили обучение в аспирантуре ОЦАД и других российских учебных заведений, а некоторые из них поступили на магистерские и докторские программы (Ph. D.) зарубежных университетов.